La organización del Consejo Audiovisual de Andalucía se articula conforme al siguiente organigrama:
En el Pleno se debaten y someten a votación las decisiones que fijan los objetivos y criterios de actuación del Consejo. Los acuerdos que emanan del Pleno son previamente discutidos en comisiones y grupos de trabajo de los que se dota la institución con el objetivo de conseguir una mayor eficiencia y agilidad en su funcionamiento.
La Secretaría General dirige las tres áreas en las que se ha articulado el Consejo Audiovisual de Andalucía –Contenidos, Jurídica y Organización-.
El Área de Contenidos realiza el seguimiento permanente de las emisiones de radio y televisión con el objetivo de detectar posibles incumplimientos de la ley. También analiza contenidos concretos que, por indicación de las comisiones o del Pleno del Consejo, se someten a un especial estudio. En el Área de Contenidos se incluye la Oficina de Defensa de la Audiencia.
El Área Jurídica asesora y sustenta, a través de informes, todas las decisiones que aprueba el Consejo desde la óptica legal.
El Área de Organización proporciona al Consejo los medios necesarios para su funcionamiento, desde el presupuesto, a los recursos humanos, instalaciones y mobiliario, además de otros servicios.